Embora exista grande potencialidade das espécies nativas, a seleção de espécies para a aquicultura é um problema sério devido a falta de conhecimento e tecnologia adequada para o cultivo comercial das espécies nativas. Por esta razão buscando-se uma aquicultura viável, a introdução de peixes exóticas tem sido largamente praticado ao longo do desenvolvimento aqüícola, procurando adaptar os "Know-how" de seu país de origem às condições brasileiras.
Há uma necessidade premente de mais pesquisas voltadas para a utilização das espécies nativas e a eliminação das espécies exóticas já introduzidas.
Entre 1882 e 1995, foram introduzidos no Brasil com finalidade de cultivo as seguintes espécies de peixes.
Black bass - Micropterus salmoides
Bagre do Canal (Cat-fish) - Ictalurus punctatus
Bagre Africano - Clarias gariepinus
Carpa Comum - Cyprinus carpio
Carpa cabeça grande - Aristichthys nobilis
Carpa prateada - Hypophthalmichthys molitrix
Carpa capim - Ctenopharyngodon idella
Salmão de Água Doce - Salmo salar
Truta Arco-iris - Salmo Irideus
Tilápia do Nilo - Oreochromis (Sarotherodon) niloticus
Tilápia de Zanzibar - Oreochromis (Sarotherodon) hornorum
Tilápia rendalli - Tilapia rendalli
Tilápia mossambica - Oreochromis (Sarotherodon) mossambicus
É interessante notar que muitas das espécies de peixes acima não tiveram sua introdução autorizada pela ex-SUDEPE e/ou pela atual IBAMA.
Atualmente, o procedimento (Normas) adotado para introdução e reintrodução de espécies exóticas no País, encontram-se vinculada ao IBAMA (Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis) através de seu Departamento de Defesa Sanitária Animal. e ao MAARA (Ministério da Agricultura, Abastecimento e Reforma Agrária).
Os peixes autóctones estudados até a década de 1980 e de interesse para a piscicultura, eram na sua maioria de hábito carnívora, e, se prestavam mais para piscicultura semi-intensiva e a extensiva. Estas espécies apresentaram sérias dificuldades em serem criadas em piscicultura intensiva, quer pela baixa conversão alimentar, quer pelo problema de fornecimento contínuo de peixes forrageiras que servem de alimentos e que tornam, inviáveis em sistema de monocultivo. Podem citar o tucunaré, Cichla ocellaris; apaiari, Astronotus ocellatus; traira, Hoplias malabaricus; trairão, Hoplias lacerdae; peixe-rei, Odontesches bonariensis, pescada do Piauí, Plagioscion squasissimum e outros.
Entretanto, a partir da década de 90, começaram a pesquisar espécies mais promissoras destacando-se aquelas pertencentes ao gênero Colossoma (tambaqui, C. macropomum; pirapitinga, C. bidens e pacu, Piaractus mesopotamicus), Brycon (matrixan, Bricon sp; piracanjuba, B. Orbignyanus e piramutaba, B. vaillanti) e Leporinus (piapara, L. obtusidens; piava, L. copellandii).
De todas estas espécies, o tambaqui, Colossoma macroporum e o pacu, Piaractus mesopotamicus e seus híbridos (principalmente o Tambacú) tem merecido maior atenção por parte dos pesquisadores, devido ao seu hábito alimentar, facilidade de manejo, e adaptação ao arraçoamento. Embora não tenha técnicas plenamente conhecidos quanto aos aspectos relativo à sua biologia, autoecologia e estudos mais detalhados a respeito de seus requerimentos nutricionais; os resultados obtidos relacionados com a reprodução induzida e cultivo experimental em tanques e viveiros, fazem com que estas espécies sejam conhecidas como as de maior potencial para a piscicultura de águas tropicais em todo o mundo.